El juego comienza con un misterioso Diver en el medio del océano. Después de buscar y nadando por un rato, el buzo se las arregla para recuperar y restaurar dos aviones no tripulados que ayudan a navegar a través del océano.

A lo largo de ABZU un gran tiburón blanco nada aterrorizando a los zánganos del Diver e interrumpiendo las aventuras en el mar del Diver. En el camino, el Diver activa portales que liberan peces, enviándolos de regreso al vasto océano y descubriendo un aquelarre secreto que restaura aún más la vida marina cada vez que se activa.

Cada interacción con el aquelarre también lleva el buceador más y más a un oscuro secreto enterrado en el fondo del mar.

Después de que el gran tiburón blanco destruye las guías de zánganos del Diver, el Diver tiene que usar comunicaciones de señales crudas con los peces para nadar junto a ellos o viajar en sus paquetes.

Mientras viaja a través de algunas de las zonas más oscuras del océano, el buzo se encuentra con una zona llena de minas, triangulares eléctricos. Acercarse demasiado envía un choque a través de todo el que los toque. Además en el juego el Diver a continuación, se encuentra con el gran tiburón blanco, enterrado debajo de una de las máquinas que tiene un diseño similar al de las minas triángulo eléctricos.

Después de liberar el tiburón de los escombros, tanto el buzo y el equipo de tiburón hasta explorar más a fondo en las minas eléctricos están viniendo. Terminan nadar a través de túneles y pasillos de mantenimiento de alta tecnología que finalmente conduce a una habitación gigante lleno de minas eléctricas, y en el centro es un cerebro madre triangular. El gran tiburón blanco intenta atacar el cerebro, pero el cerebro madre ataca de nuevo, electrocutar tanto el buzo y el tiburón.

La electrocución es tan severa que destruye la capa exterior del Diver y revela que el Diver es en realidad un androide. El Diver también descubre que el gran tiburón blanco ha muerto por la electrocución.

Aventurándose aún más a través del océano revela portales adicionales que liberan más peces y finalmente el Diver llega a un puerto deportivo gigante secreto que conduce hacia un portal de restauración que no solo devuelve más vida al océano una vez que se activa, sino que también restaura el cuerpo del Buceador y trae una versión espiritual del gran tiburón blanco.

Cabalgando sobre el gran tiburón blanco, el buzo y el tiburón siguen restaurar el océano, mientras que la destrucción de las estaciones mecánicos anclados que fueron construidas por el cerebro madre triángulo. Eventualmente, el tiburón y el buceador encontrar la nave espacial masiva, hundida que alberga el cerebro madre triángulo y entran en ella, la voladura de todas las minas de seguridad y de la voladura a través del cerebro madre, destruyéndolo.

La vida vegetal comienza a crecer alrededor de la nave destruida, lo cual indica que la vida seguirá floreciendo mientras que el buzo encuentra un nuevo hogar en el océano.

El Diver fue originalmente uno de los exploradores submarinos de la nave espacial triangular, pero durante el choque el Diver pareció separarse del resto de la nave. Los exploradores de drones intentaban ayudar a conducir al Diver de vuelta a la nave nodriza, pero el gran tiburón blanco los destruyó, ya que la nave madre estaba agotando la vida marina e intentando capturar ciertos peces con los portales.

Dado que el buceador perdido la memoria y tuvo que ir en un viaje para descubrir sus orígenes, sus prioridades cambian después de descubrir la belleza del océano, y en lugar de trabajar con los droides espacio Illuminati, el buzo comienza a ayudar a liberar a los peces, restaurar la la vida marina y, finalmente, equipo con el tiburón de destruir el cerebro madre.