Al igual que el anterior Cinco noches en freddy's En los juegos, los jugadores asumen el papel de un guardia que trabaja en el turno de noche en una ubicación hermana de la pizzería original de Freddy Fazbear. La ubicación hermana presenta los nuevos animatrónicos Funtime para los espectáculos del Funtime Auditorium.

El jugador debe sobrevivir cinco noches, como en los otros juegos. A lo largo de cada noche, el guardia se enfrenta a algunos problemas a medida que algunos de los animatrónicos comienzan a cobrar vida, liderados por Ballora, una nueva bailarina animatrónica.

Otro animatrónico que cobra vida, Circus Baby, advierte al guardia nocturno sobre Ballora. Ella le explica que está poseída y que a menudo intentan "arreglar" los animatrones "sacándolos" en la sala de recogida. Esto implica quitarles el endoesqueleto y colocarlos en una nueva unidad. Sin embargo, Circus Baby explica que incluso después de visitar la sala de recogida, todavía están rotos.

Se revela que Funtime Freddy, Funtime Foxy y Ballora, junto con algunos otros, han estado matando gente en el Funtime Auditorium. Durante la cuarta noche, cuando dos reparadores vienen a arreglar a Ballora, ella y Foxy terminan matándolos y colgándolos en el escenario donde suelen actuar.

Circus Baby convence al guardia nocturno para que intente "arreglarla" en la sala de reparaciones. Después de sacar el chip de Circus Baby, Baby convence al guardia nocturno para que se dirija a la sala de recogida, pero Ballora lo asalta e intenta matarlo. El guardia no tiene forma de defenderse ya que las luces están apagadas, pero Baby convence a Ballora de que el guardia nocturno está allí para ayudarlos y dejarlo con vida.

Luego, el guardia es dirigido a través de la oscuridad hacia la sala de recogida donde Circus Baby revela su gran plan: dado que los gerentes siguen sacando los animatrónicos después de que la gente tiene accidentes o muere a su alrededor, los títeres animatrónicos decidieron que tendrían que escapar, pero no pudieron. No lo hagas con traje. A Circus Baby se le ocurrió el plan para convencer al guardia nocturno de que la ayudara y que ella lo ayudaría a sobrevivir a cambio. Sin embargo, después de que el guardia nocturno llega a la sala de recogida, Baby usa la pala para destripar al guardia nocturno y apoderarse de su cuerpo.

El juego termina mostrando al guardia nocturno de regreso a casa, mirándose en el espejo. Antes de que el juego desaparezca en los créditos, los ojos del guardia se iluminan para revelar que está poseído por Circus Baby.

En uno de los finales secretos, según lo registrado por RabidRetrospectGames, el guardia nocturno puede aventurarse en la sala privada a través del Auditorio Funtime en lugar de ir a la sala de recogida durante la noche cinco. Si se hace con éxito, el guardia termina en la sala privada que tiene monitores y paneles de seguridad para mantener alejados a los animatornics.

Se reproduce un segmento separado que indica que el guardia nocturno será despedido al día siguiente por entrar a la habitación privada, pero primero debe sobrevivir toda la noche contra los animatrónicos que vienen a buscarlo, especialmente aquellos que ahora se sienten traicionados.

Al final del turno, el guardia regresa a casa y comienza a mirar televisión. Sin embargo, después de ver su programa, uno de los animatrónicos de la sala de recogida lo sigue a casa y camina frente a él mientras la pantalla se vuelve negra.

Algunas teorías son que Ennard se hizo cargo de la voz de Baby después de que ella estuvo en la sala de recolección e intenta atraer al guardia nocturno a la sala de recolección para apoderarse de su cuerpo. Se explica que los ojos del guardia nocturno reflejan los ojos de Ennard al final cuando se mira en el espejo y no los ojos de Baby.