Telltale Games concluyó la segunda temporada de Batman: El enemigo dentro. No importa cómo termine la temporada, es un final explosivo, visceral y sangriento tanto para Batman como para el Joker. Un resumen rápido de los eventos para aquellos que no han seguido el juego durante toda la temporada pueden encontrar un resumen rápido de los finales explicados para Batman: El enemigo dentro aquí mismo.

La temporada comienza con The Riddler aterrorizando a ciertos individuos dentro de la clandestinidad criminal de Gotham. Batman se involucra y logra someter a Riddler luego de que Riddler mata a Lucius Fox. El Acertijo muere justo después de que Batman le impide lanzar cohetes dirigidos a Gotham. Si bien hay un misterio en torno a quién mató a Riddler, más tarde se revela que la hija de Lucius, Tiffany, usó uno de sus drones con un dardo venenoso para matar a Riddler y vengarse de él por matar a su padre.

Además, dependiendo de cómo Bruce trate a Tiffany, se determinará si ella termina uniéndose a Amanda Waller como agente o si se une a Batman como compañera.

A lo largo de la temporada, Batman tiene que hacer malabarismos entre ser el Caballero de la Noche y ser Bruce Wayne, el último de los cuales se ve obligado por Amanda Waller, de la Agencia, a ir encubierto como un criminal en un grupo conocido como The Pact, que está formado por Harley Quinn, Mr. Congelar y Bane. Waller aprovecha la identidad de Batman/Bruce Wayne para conseguir que trabaje para ella.

El Pacto intensifica su terror en Gotham después de que matan a The Riddler porque resulta que Harley Quinn está buscando conseguir un suero para un virus que pueda usarse para evitar sucumbir a una enfermedad mental como su padre. Solo Riddler tuvo acceso al suero, pero con su muerte Harley no tiene suerte.

Bruce permanece encubierto con The Pact para alterar sus planes desde dentro. Trabaja con otro miembro de The Pact, John Doe, a quien conoció originalmente en Arkham Asylum durante la primera temporada.

John es mentalmente inestable, pero le gusta Bruce después de que los dos se ayudaron mutuamente durante un motín cuando estaban en Arkham Asylum. Dependiendo de si Batman/Bruce es amable y confía en John, determinará cómo se desarrolla.

Si bien Bruce y John son parte de The Pact, que incluye a Harley, Bane y Mr. Freeze, John se enamora de Harley y hace todo lo necesario para complacerla. Lucha por ayudar a Bruce y al mismo tiempo lleva a cabo las tareas que Harley le asigna.

Con el tiempo, las cosas comienzan a colapsar y El Pacto implosiona cuando Amanda Waller toma medidas enérgicas contra ellos utilizando la Agencia. Las cosas culminan entre Harley y la Agencia cuando tienen un enfrentamiento en el puente donde Harley amenaza con usar un virus mortal contra todos los que están en el puente.

Se produce un momento crucial cuando tanto John como Bruce quieren llegar a Harley, pero un puñado de agentes de Waller terminan muertos y John le pregunta a Bruce si confía en que no mató a los agentes a sangre fría. Si Bruce confía en John, entonces los dos se unen para detener a Harley en el puente, pero Waller traiciona a John y John termina saltando del puente para evitar que lo maten. Si Bruce decide no confiar en John, entonces John se vuelve loco y acusa a Bruce/Batman de traicionar su confianza y utilizarlo solo como un medio para detener el Pacto. John irá al puente, pero en lugar de detener a Harley, el dúo trabaja en conjunto para volar el puente y abrazarse en un beso antes de saltar del puente.

El final se desarrolla de dos maneras drásticamente diferentes dependiendo de cómo se desarrolló la relación entre Bruce y John a lo largo de la temporada. Si Bruce y John se unen como vigilantes, John cambia su nombre a The Joker. Waller termina apuntando a ambos, temiendo que John siga siendo una amenaza, lo que resulta en que Batman y Joker trabajen juntos para acabar con el improvisado Escuadrón Suicida de Waller, formado por Bane, Harley y Catwoman.

Batman resulta gravemente herido en el encuentro cuando Joker se vuelve loco al usar explosivos en un intento de matar a Waller, lo que provoca que el techo se derrumbe mientras Batman intenta evitar que las bombas estallen.

Catwoman termina ayudando a Batman, quien está al borde de la muerte luego de ser empalado por la caída. Joker captura a Waller durante el caos en la azotea e intenta obligarla a confesar la muerte de The Riddler, sin saber que Tiffany en realidad mató a Riddler. Un Batman gravemente herido se enfrenta al Joker en la planta de Ace Chemicals, donde Batman logra salvar a Waller y Tiffany durante un enfrentamiento con el Joker. Varios agentes intentan someter al Joker, pero él los masacra con cuchillos. Durante la pelea, Joker usa muchas de las tácticas y técnicas que aprendió de Batman durante su tiempo de entrenamiento juntos, lo que hace que Batman sufra aún más daño mientras los dos tienen una confrontación final y sangrienta que involucra cuchillos y batarangs.

En la ruta del villano, Joker y Harley se unen para aterrorizar a Gotham. Harley todavía quiere un suero y decide usar el virus como una forma de rescatar la seguridad de Gotham a cambio del suero. También quiere que Batman muera. Joker sabe que no existe suero y que Bruce Wayne es en realidad Batman, pero decide ocultarle esa información para permanecer cerca de ella. Los dos andan matando: Harley con la intención de conseguir el suero y Joker haciéndolo como una forma de vengarse de Bruce por traicionar su amistad.

Joker establece un plan elaborado para torturar a Bruce por su traición, capturando a Jim Gordon y obligándolo a atraer a Batman a una trampa. A cambio, Joker le da a Gordon un mapa de Gotham donde se encuentran todas las bombas que contienen el virus. Sin embargo, Joker dispara a las rodillas de Gordon para que no pueda detener las bombas demasiado rápido. Joker le quita a Bruce su armadura de Batman y luego hace que Bruce pase por una casa de diversión donde Selina, Tiffany y Alfred han sido capturados. Joker los obliga a jugar un juego centrado en la confianza para poder castigar a Bruce por traicionarlo.

Bruce y Selina logran luchar contra Harley y Joker. Bruce y Joker pelean por toda la casa de la diversión y Joker logra apuñalar a Bruce varias veces antes de quedar inconsciente. Bruce intenta revivir a Joker después de pensar que lo mató, solo para que Joker se despierte y apuñale a Bruce en el costado. Los dos yacían en el suelo, donde Bruce le dice a Joker que le rompió el corazón al convertir su amistad en algo feo, pero Joker revela que como no podrían ser amigos, serían hermosos enemigos.

En el final del villano, se ve a Joker en Arkham Asylum jugando con un muñeco que hizo Bruce, poniéndole lápiz labial y hablando solo. En el final de Vigilante, se ve a Joker en Arkham Asylum, pero recibe una visita inesperada de Bruce Wayne, lo que le hace sonreír.

En ambos finales, Alfred decide que ya ha tenido suficiente de Batman y decide irse. Bruce tiene la opción de renunciar a Alfred para poder continuar luchando contra el crimen como Batman, o dejar de ser Batman para que Alfred se quede.